標準劑量
成人及 12 歲以上兒童：本品的通常劑量是 1~2 克，每日一次（每 24 小時）。
危重病例或由中度敏感菌引起之感染，劑量可增至 4 克，每日一次。
新生兒、嬰兒及 12歲以下兒童
建議按以下劑量每日使用一次。
新生兒（14天以下）每日劑量為按體重 20~50毫克/千克，不超過 50毫克/千克，頭孢曲松禁用于矯正胎齡不足41周（孕周+實際年齡）的早產兒（見【禁忌】）。新生兒（出生體重小于 2kg者）的用藥安全尚未確定。有黃疸的新生兒或有黃疸嚴重傾向的新生兒應慎用或避免使用本品。
如果新生兒（≤28天)需要（或者預期需要）靜脈使用含鈣的溶液治療，包括連續滴注含鈣溶液（如胃腸外營養液），則需禁止使用頭孢曲松，因為有出現頭孢曲松-鈣沉積的風險（見【禁忌】）。
新生兒、嬰兒及兒童（15天至12歲）每日劑量按體重20~80毫克/千克。
體重50千克或以上的兒童，應使用成人常規劑量。
靜脈用量按體重50毫克/千克以上時，嬰兒以及12歲以下兒童滴注時間至少要30分鐘以上。新生兒的靜脈用藥輸液時間應當超過60分鐘，以降低發生膽紅素腦病的潛在風險。
老年患者
除非老年患者有重度腎功能和肝功能損傷時，老年患者應用頭孢曲松一般不需調整劑量。
療程
療程取決于病程。與一般抗菌素治療方案一樣，在發熱消退或得到細菌被清除的證據以后，應繼續使用本品至少48至72小時。
聯合用藥
在試驗條件下，本品與氨基糖苷類抗菌素對許多革蘭氏陰性桿菌的協同作用已被證實。 雖然不總能預測出這種聯合用藥的增強作用，但對于像綠膿桿菌等所致的嚴重的，危及生命的感染，應當考慮聯合用藥。由于頭孢曲松與氨基糖苷類具有化學不相容性，故這兩種藥物在使用推薦劑量時應分開用藥。
亦觀察到在靜脈給藥時，頭孢曲松與安吖啶、萬古霉素和氟康唑具有化學不相容性。
特殊用藥指導
腦膜炎：嬰兒及兒童細菌性腦膜炎，開始治療劑量每千克體重 100毫克（不超過 4克），每日一次，一旦確認了致病菌及藥敏試驗結果，則可酌情減量，以下療程已被證實是有效的：
腦膜炎奈瑟氏菌 4 天
流感嗜血桿菌 6 天
肺炎鏈球菌 7 天
萊姆病：兒童及成人按體重50毫克/千克，最大劑量 2克，每日一次，共 14天。
淋病：治療淋病（產青霉素酶及不產青霉素酶菌株）本品的推薦劑量為肌肉注射 250毫克單劑。
術前預防性用藥：預防污染或非污染手術之術后感染，根據感染的危險程度，在術前30~90分鐘，注射本品 1~2克單劑。對結直腸手術，以本品單獨使用或與 5-硝基咪唑（如奧硝唑）聯合用藥（需分開使用，見【用量用法】）已被證實是有效的。
腎功能損傷患者：腎功能損傷患者，如其肝功能未受損則無需減少本品用量，僅對末期前腎功能衰竭患者（肌酐清除率＜10毫升/分鐘），每日本品用量不能超過2克。頭孢曲松不能通過腹膜透析或血液透析清除。正在接受透析治療的患者，無須在透析后另加劑量。
肝功能損傷患者：肝功能損傷患者，如腎功能未受損則無需減少本品用量。
重度肝、腎功能損傷患者：重度肝臟及腎臟功能損傷患者，建議進行臨床安全性和有效性監測。
用藥方法
新配制的溶液能在室溫下保持其物理及化學穩定性達6小時，或在2-8℃冰箱里保持 24小時，但按一般原則，配制后的溶液應立刻使用。依其濃度及保存時間的不同，溶液呈現為淡黃色到琥珀色。溶液顏色對藥物有效性或耐受性并無意義。
肌肉注射：本品0.25克或0.5克溶于1%鹽酸利多卡因2毫升中，1克溶于3.5毫升中用于肌肉注射，以注射于相對大些的肌肉為好，不主張在一處的肌肉內注射1克以上劑量。利多卡因溶液絕對不能用于靜脈注射（見【禁忌】）。
靜脈注射：本品0.25克或0.5克溶于5毫升滅菌注射用水中，1克溶于10毫升中用于靜脈注射，注射時間不能少于2～4 分鐘。
靜脈滴注：靜脈滴注時間至少要30分鐘，本品2克溶于40毫升或以上規格的下述其中一種無鈣靜脈注射液中如：0.9％氯化鈉溶液、0.45%氯化鈉＋2.5%葡萄糖注射液、5%葡萄糖、10%葡萄糖、5%葡萄糖中加6%葡聚糖、6～10%羥乙基淀粉靜脈注射液、滅菌注射用水。由于可能會產生藥物間的不相容性，故不能將本品混合于含有其它抗菌藥物之溶液中或在輸注其它抗菌藥物溶液時加入其中。亦不能將其稀釋于以上列出的溶液之外的其他液體中。
